将近一半被诊断为学习障碍的人都将在生活的某一阶段经历精神失调。事实上，许多学习障碍者都有某种形式的脑机能障碍，这种障碍使他们极容易发展为器质性精神失调，正是这种情况导致了相当高比例的学习障碍者患有精神失调。
许多学习障碍者在困难的环境中生活，他们几乎无法控制自己的生活。他们可能会感到失望和孤独，而且可能难以形成和维系令人满意的人际关系。这些方面都会破坏他们的自尊，并且导致大量的心理间题的产生，这些问题将以行为障碍、焦虑和抑郁等形式表现出来。
Rutter等人在一项针对9~11岁儿童学习障碍者的调査中发现，超过1/4的患儿被父母认为是“心理失常的”，在行为问题的发生率方面，有学习障碍的儿童比同龄的无障碍儿童多3倍。Gath和Gumley也发现，患儿父母报告的行为问题比率相当高，这些行为问题包括多动和注意力涣散。患有重度智能障碍的儿童中，约有一半都表现出某种形式的严重行为障碍。
成人学习障碍者中出现异常心理状态的比例很高，这是社会环境因素和机体因素共同作用的结果。许多重度障碍的成人（也有儿童）有多重行为问题，包括自伤、攻击性行为、过度活跃和刻板行为，其中刻板行为有时也被统称为“挑衅性行为”。
与其他有病理性学习障碍者相比，唐氏综合征的成年患者出现精神问题的可能性相对小一些。仅有约25％的唐氏综合征患者曾经有过被确诊的精神问题，而其他智力障碍患者出现精神问题的比例约为40%。在同等智力水平的患者中，唐氏综合征患者出现挑衅性行为的比例也相对较小。但是另一方面，唐氏综合征患者的抑郁比例相对较高（约为10%)，而且患早老性痴呆的比例也较高。
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